Bazylika znajduje się pod opieką Towarzystwa Salezjańskiego.
Życzeniem księżnej Marii Radziwilłowej było, by świątynia NSJ na Pradze była też centrum wychowawczym dla dzieci i młodzieży, dlatego też zabiegała, początkowo bezowocnie, by parafię NSJ przejęli salezjanie. Okazało się to możliwe dopiero po śmierci fundatorki, która zapisała w testamencie cały swój majątek
łącznie z bazyliką kardynałowi Augustowi Hlondowi, Prymasowi Polski. Prymas zrezygnował z darowizny księżnej na korzyść kardynała Kakowskiego. Ten z kolei, szanując wolę księżnej, postanowił przekazać parafię oraz bazylikę wraz z całym majątkiem salezjanom na wieczne czasy. Aktu tego dokonał specjalnym dekretem nr 6057 z dnia 18 listopada 1931 roku.