Na głównego Patrona i charakter kultu religijnego w Bazylice w sposób jednoznaczny i bardzo wyrazisty zwraca uwagę wystrój prezbiterium, wykonany przez salezjańskiego artystę, ks. Wincentego Kiliana. Głównym elementem tego wystroju jest polichromia konchy absydy z monumentalną postacią Jezusa w stroju kapłańskim, z otwartym sercem, otoczonego chórem aniołów i mającego za podnóżek fragment kuli ziemskiej.

U jego stóp, w postawie symbolizującej składanie hołdu, są dwie personifikacje. Jedna, symbolizująca Polskę, klęcząc ofiarowuje Jezusowi koronę. Otaczająca jej głowę aureola zawiera napis: Semper Fidelis Polonia (zawsze wierna Polska). Druga, przedstawiająca Kościół, w postawie stojącej unosi w dłoniach kielich i zbiera weń strumienie krwi wypływające z Serca Pana Jezusa. Aureola wokół jej głowy jest ozdobiona napisem: Sancta Mater Ecclesia (Święta Matka Kościół).

Równie wyrazistym elementem wystroju prezbiterium jest mozaikowa kompozycja z wizerunkami osób znanych z osobiście praktykowanego nabożeństwa do Najświętszego Serca Jezusowego.

Wizerunki świętych umieszczone w poszczególnych niszach, i oddzielonych od siebie marmurowymi pilastrami, kompozycyjnie tworzą jakby kolumnadę, na której się wspiera  majestatycznie górująca nad nimi polichromia w kopule.  Z kolei załączone przy nich inskrypcje w języku łacińskim, niczym średniowieczna Biblia pauperum, wskazują nawiedzającym Sanktuarium korzenie i formę czci, jaką człowiek może obdarzać to Serce dobroci i miłości pełne.

Centralną niszę mozaikowej drogi do Serca Pana Jezusa wypełnia osoba św. Jana Apostoła trzymającego zwój opatrzony maksymą: Deus caritas est (Bóg jest miłością). Św. Jan uważany za najbliższego Jezusowi z grona apostołów, według tradycji, miał podczas Ostatniej Wieczerzy położyć swą głowę na piersi Jezusa, czyli przy sercu.

W sąsiedniej niszy, po lewej stronie św. Jana, ks. Kilian umieścił postacie dwojga świętych: Longinusa – męczennika i Małgorzaty Alacoque – mistyczki i wizjonerki prezentującej tablicę z symboliką nawiązującą do Chrystusa, Jego męczeńskiej śmierci z miłości do człowieka oraz inskrypcją upamiętniającą obietnice Najświętszego Serca Jezusowego, jakie zostały jej objawione w mistycznych wizjach. Podpisy pod wizerunkami świętych informują, że Longinus włócznią otworzył bok Zbawiciela, a przed Małgorzatą Jezus odsłonił bogactwo łask swego serca.

Idąc dalej w tym samym kierunku widzimy niszę z postaciami  św. Wojciecha i bł. Władysława z Gielniowa. Łacińskie inskrypcje wyjaśniają, że pierwszy z nich to dobry pasterz Chrystusowej owczarni, a więc człowiek z sercem. Drugi jest patronem Warszawy i promotorem kultu Jezusa Ukrzyżowanego; o tym, że z miłości do człowieka, nie trzeba przypominać, bo to oczywiste.

Przeciwną stronę mozaikowej drogi Serca Pana Jezusa rozpoczyna nisza z wizerunkami św. Jana Eudesa, prekursora liturgicznego kultu Najświętszego Serca Jezusowego i Niepokalanego Serca Maryi oraz św. Franciszka Salezego, biskupa i doktora z dziełem swego życia w ręku – Filotea – będącego wprowadzeniem do życia duchowego. Obaj święci promowali przesłanie o wielkiej miłości Boga ku człowiekowi.