O ile dzieje Bazyliki Najświętszego Serca Jezusowego i utworzonej przy niej parafii mierzy się już dziesiątkami lat to historia erygowanego przy niej Sanktuarium Najświętszego Serca Jezusowego jest bardzo krótka, bo zaczęła się dn. 8 czerwca 2016 r. uroczystym podaniem do publicznej wiadomości dekretu Biskupa Romualda Kamińskiego podczas Mszy św. inaugurującej nawiedzenie Cudownego Obrazu Matki Bożej Częstochowskiej w Bazylice. Decyzja Ordynariusza Warszawsko-Praskiego była odpowiedzią na wcześniejsze starania posługujących w tej Świątyni Salezjanów, którzy potrzebę erygowania Sanktuarium uzasadniali głównie żywym i wciąż rozwijającym kultem Serca Pana Jezusa oraz brakiem, tak w diecezji jak i w całej Warszawie, ośrodka animacji i promocji tego kultu.

Podstawą nabożeństw liturgicznych w Bazylice, podobnie jak w wielu innych kościołach, były formy tradycyjne, np.  I piątki miesiąca, doroczna uroczystość odpustowa ku czci Najświętszego Serca Jezusowego, a także uroczysta lub prywatna modlitwa przed jego wizerunkiem. Szczególne ożywienie tej modlitwy nastąpiło, gdy ks. prob. Edmund Modzelewski, po konserwacji obrazu Najświętszego Serca Jezusowego, zamiast na poprzednim miejscu w zakrystii, umieścił go w bocznym ołtarzu i przygotował przestrzeń sprzyjającą osobistej modlitwie przed nim.

W kraju trwały w tym czasie  przygotowania do Polskiego Aktu Intronizacji Chrystusa Króla i obchodów 1050-rocznicy Chrztu Polski w 2016 r. Salezjanie z Bazyliki wykorzystali tzw. ducha czasów, by przy różnych okazjach przypominać ważne fakty, poprzez które Bazylika trwale wpisywała się w dzieje Kościoła, Ojczyzny i Warszawy. Do nich, pominąwszy opatrznościowy zbieg okoliczności przy erygowaniu parafii i pracach budowlanych, bez wątpienia należały:

– przekazanie budującej się świątyni i duszpasterstwa Salezjanom, dla których nabożeństwo do Serca Jezusowego jest jednym z istotnych filarów duchowości;

– poświęcenie Narodu Polskiego Sercu Jezusowemu dokonane w Bazylice przez Prymasa Stefana Wyszyńskiego dn. 28.10.1951 r.;

– wybór Bazyliki NSJ na świątynię stacyjną, w której w 1966 r. odbywały się liczne uroczystości z okazji 1000-lecia chrztu Polski;

– Festiwal Piosenki Religijnej Sacrosong w 1974 r.;

– powołanie w 1988 r. w domu zakonnym przy Bazylice Salezjańskiego Instytutu Wychowania Salezjańskiego,  stanowiącego podstawę programową i kadrową późniejszego Wydziału Pedagogicznego UKSW;

– inauguracja w Bazylice NSJ II Polskiego Synodu Plenarnego przez Ojca Św. Jana Pawła II w 1991 r.;

– wizyta Sekretarza Stanu Stolicy Apostolskiej, Kard. Tarcisio Bertone w 2007 r.

Wydarzeń o zasięgu praskim czy nawet warszawskim było dużo więcej. A warto je wspomnieć, przynajmniej ogólnie, bo one promowały Bazylikę jako istotny ośrodek kultu Serca Pana Jezusa. Mimo iż jej położenie przecież „nie po drodze” w tej promocji było bardziej problemem niż atutem.

Jeśli do aktywności religijnej i wychowawczej Salezjanów przy Bazylice dodamy imponującą architekturę zewnętrzną  obiektu i uderzający wchodzącego do  świątyni oryginalny w formie wizerunek Serca Jezusowego na jej kopule oraz mozaikowy wystrój absydy ukazujący promotorów kultu Serca Jezusowego, to wydaje się, że decyzja o utworzeniu tutaj Sanktuarium Najświętszego Serca Jezusowego okazała jak najbardziej właściwa. A ponadto spełniała ona oczekiwania wiernych, przybywających licznie i chętnie na modlitwę do miejsca promieniującego łaskawością Najświętszego Serca Zbawiciela. Wiele osób przyznaje się, że doświadcza takiego odczucia w czasie modlitwy w Sanktuarium Najświętszego Jezusowego. Niektórzy z nich  piszą o tym w swoich relacjach w „Księdze łask i uzdrowień” wyłożonej w kaplicy ołtarzowej Najświętszego Serca Jezusowego.